Matheus Cunha é cria das categorias de base do Coritiba. No entanto, apesar do destaque na base, ele nunca chegou a estrear pelo time profissional do Coxa.
O Coritiba vendeu Cunha para o Sion, da Suíça, por "apenas" R$ 700 mil em 2017. Na época, o Coxa optou por negociar o jovem para reinvestir o dinheiro nos direitos econômicos de outro jogador: o volante Matheus Galdezani, então um dos destaques da equipe coxa-branca e que hoje defende o Remo, na Série C.
Mais grana
Em 2018, o Coxa venderia os 15% restantes de Cunha ao Sion por mais 1,2 milhão de euros. Transferências futuras para RB Leipzig, Hertha Berlim e Atlético de Madrid também renderiam mais grana ao Coritiba pelo prata da casa.